О поиске научной литературы в Сети я уже писал в статье Топ 10 сайтов для поиска научной медицинской литературы главным, из описанных там веб-сервисов, я считаю Pubmed. О его достоинствах было сказано в упомянутой статье, сейчас просто дам несколько советов по его использованию. Источником вдохновления для этой статьи послужила публикация в Laika's MedLibLog "10 + 1 PubMed Tips for Residents (and their Instructors)".

Совет 1. Подумайте, нужен ли вам Pubmed.

Перед тем как идти на сайт Pubmed, стоит подумать о том, подходит ли этот источник информации для ответа на ваш вопрос. Сначала определите характер вашего вопроса. Вопрос может быть общим (background question) или частным (foreground question). Общие вопросы ориентированы на базовые знания или факты. Они часто начинаются со слов кто, что, когда, почему, который. Например: "Что такое системная красная волчанка", "Как диагностировать инфаркт миокарда". Ответы на эти вопросы часто проще найти в учебниках, руководствах и некоторых базах данных.

Если вас интересует частный вопрос, то для ускорения работы лучше воспользоваться такими базами данных как Кокрановская библиотека, TRIP-database или National Guideline Clearinghouse. Это сэкономит ваше время, поскольку вам не придется читать все индивидульные исследования по данной теме. Все уже сделано до вас. Информация собрана, обработана и обобщена для вашего удобства.

Так же следует помнить, что помимо Pubmed, существуют и сторонние разработки инструментов поиска в Медлайн. Каждый из них подходит для своего конкретного случая.

Совет 2. Поиск обзора в Pubmed.

В Pubmed можно быстро найти хорошую обзорную статью. Приведу пример. Допустим, мы хотим определить причину острого рецидивирующего панкреатита у молодого человека. Учитывая, что это вопрос общего хорактера, начнем поиск.

• Зайдите на сайт pubmed.gov.
• Напишите в поисковой строке acute pancreatitis. Можно было бы написать pancreatitis, но тогда мы получим слишком много результатов.
• Выберите вкладку Limits, и выберите следующие опции:
  
  • Links to free full text - если у вас нет подписки на журналы,
  • Added to PubMed in the last 5 years - чтобы увидеть только новые статьи,
  • Subsets: Core Clinical Journals
  • Type of article: Review
  • Tag-Terms: Title
• Нажмите кнопку Go.

Таким образом, мы составили запрос на поиск слов acute pfancreatitis в заголовке научной статьи из основных (англоязычных) клинических научных журналов. В результате получены 28 результатов за последние пять лет, включая обзоры из Lancet и NEJM.

Обратите внимание, что я не стал задавать очень точный запрос. Если бы в запросе присутствовали слова recurrent или young adult, то статьи, в реферате которых эти слова не встречаются, останутся незамеченными и есть вероятность пропустить интересный обзор.

Совет 3. Pubmed - это лишь одна из баз данных NCBI.

Pubmed - это только одна из свободно доступных баз NCBI. Если вы нажмете на логотип NCBI, то попадете на страницу поиска по всем базам Entrez. Большинство баз данных больше всего подходит для поиска информации по генетике, геномике и протеомике.

Набрав acute pfncreatitis в строке поиска вы увидите результаты, отсортированные по базам данных, в том числе здесь будут Pubmed и MeSH. В нашем случае наиболее интересной из генетических баз выглядит OMIM (Online Mendelian Inheritance in Man). Это база по генетическим заболеваниям, предназначенная для врачей.

В базе OMIM найдено 33 записи. Количество записей можно будет сократить, используя вкладку Limit. Результаты с третьего по пятый описывают гены, упомянутые в обзоре из Lancet и ссылаются на соответствующие исследования. Здесь есть даже ссылки на лаборатории, выполняющие соответствующие исследования.

Вместо использования интерфейса Entrez, вы можете выбрать OMIM со страницы Pubmed, как это показано на рисунке.

Совет 4. Используйте Single Citation Matcher.

Если вам известны выходные данные публикации, то не стоит вводить их в строку поиска. Используйте Single Citation Matcher. Просто заполните поля известными данными и получите точный результат. Для примера, в поле "имя автора" запишите Frossard JL (отметьте only first autor) и укажите номер первой страницы - 143. В результате будет получена одна статья.

Совет 5. Сохраняйте поисковые запросы и создавайте напоминания: RSS и MyNCBI.

Для хорошего специалиста очень важно идти в ногу с последними достижениями в своей области. В Pubmed для этого есть очень хорошие  инструменты. Один из них RSS. Создать RSS ленту очень легко, просто выберите RSS feed в выпадающем меню Send to над результатами поиска.

Еще один вариант - использование MyNCBI. Несмотря на свою старомодность, этот инструмент очень эффективен. Сперва необходимо зарегистрироваться в Pubmed. Регистрация беспатная и не представляет никакой сложности. Сделав это, вы получаете возможность сохранения своих поисков. По сути, сохраняется поисковый запрос, но можно выбрать и отдельные статьи. Сохранить поиск можно сразу после его выполнения, нажав Save Search (1) или выбрав его из истории поиска (History), как это показано на рисунке (2).

Сохраненные поиски могут быть выполнены либо изменены позднее, так же их можно использовать для создания оповещений. Эти оповещения будут отправляться на ваш почтовый ящик с любой удобной вам частотой. Если вы сохранили несколько  частично совпадающих поисков, то их можно комбинировать, чтобы не читать одну и ту же статьтю дважды.

Помимо этого, вы можете сохранять коллекции (Save Collections), т.е. отдельные статьи, создавать фильтры и делиться ими с коллегами.

При желании можно активировать функцию подсветки текста. И тогда в результатах поиска будут выделены термины, заданные в запросе (см. рисунок во втором совете).

Совет 6. Pubmed это не Google. Или почему поиск дает слишком много либо слишком мало результатов.

В чем отличие поисковых систем вроде Google или Яндекс от Pubmed? Обычные поисковики выдают нам результаты, отсортировнные по релевантности. Другими словами, чем выше каждый конкретный результат в списке, тем более адекватен он вашему запросу. Сортировака результатов в Pubmed проводится по дате публикации, фамилиям авторов или заголовку статьи. Следовательно первая статья не обязательно подходит вам лучше всех остальных. Но вам нужны только те статьи, которые больше всего подходят для ответа на ваш вопрос.

Как формулировать запрос, чтобы найти подходящие статьи? Это зависит от интересующей вас проблемы. Но чего не стоит делать точно, так это писать весь вопрос в строке поиска.

Как правило, надо искать по терминам, используя только наиболее важные из них. Второстепенные термины в начале поиска использовать не следует. Покажу на примере как это делается. Вопрос: "Снимает ли спиронолактон отеки при сердечной недостаточности? Насколько он эффективен и безопасен в сравнении с ацетазоламидом?"

Кто-то может написать: cardiac insufficiency spironolactone treatment acetazolamide. И это даст некоторый результат, но используя такой подход вы можете пропустить полезную для вас научную статью. Лучше будет написать в запросе cardiac insufficiency AND spironolactone. И задать ограничения на систематические обзоры или рандомизированные контролируемые исследования, поскольку эти виды научных статей обеспечивают более высокий уровень доказательности. При необходимости, в запрос можно добавлять менее важные термины. И еще - не следует злоупотреблять ограничениями на результаты поиска.

При добавлении того или иного термина в запрос, спросите себя, насколько важно это слово в вашем вопросе. Поскольку добавление лишнего слова может отбросить из результатов поиска действительно полезную публикацию.

Совет 7. Используйте Details, чтобы узнать как Pubmed интерпретировал ваш запрос.

Независимо от того, следуете ли вы предыдущему совету или нет, проверьте как ваш запрос был "переведен" на язык Pubmed. Информация об этом находится во вкладке Details. Дело в том, что основываясь на вашем вопросе, Pubmed формирует запрос из собственных терминов (MeSH). Однако система может неправильно понять вас и выдать не совсем подходящие результаты, а то и вовсе не то, что вы ищете.

Таким образом, потратив несколько секунд на анализ того как был понят ваш запрос, вы можете сэкономить много времени, сразу получив нужный вам результат.

Совет 8. Использовать MeSH или нет?

MeSH - это ключевые слова, добавленные к записи при индексации с научной статьи в Pubmed. MeSH очень полезен при поиске информации по группе заболеваний. Допустим мы хотим узнать о пользе физических упражнений для онкологических больных (не уточняя нозологию). Если ввести cancer, то Pubmed интерпретирует это не только в MeSH-термин neoplasms, а будет понимать его более широко. В результате мы получим статьи, описывающие самые разные новообразования.

Если же использовать только MeSH, то в результатах поиска не будет самых новых статей, которым еще не успели назначить какие-либо термины. Так же будут упущены неправильно проиндексированных статьи. А для некоторых запросов вы можете просто не найти соответствующих MeSH-терминов.

Исходя из сказанного, лучше использовать в запросах как термины MeSH, так и обычную терминологию.

Совет 9. В поисках доказательств. Инструмент Clinical Queries и другие фильтры.

Clinical Queries полезен при поиске материалов доказательной медицины.  Здесь собраны фильтры, цель которых поиск лучших доказательных статей. Начать поиск удобнее с применения фильтра Systematic Reviews, который ищет также и обзоры клинических исследований, и статьи доказательной медицины и руководства.

Можно просто вписать свой запрос в этот фильтр, но лучше сперва провести поиск в основном интерфейсе Pubmed. Это позволит проверить насколько правильно вы подобрали термины. А затем достаточно вписать номер вашего поиска (найти его можно во вкладке History) в фильтр Systematic Reviews, как это показано на рисунке. В результаты вы получите небольшое количство научных статей, с высокой степенью доказательности.

Если же вас интересуют статьи с результатами отдельных клинических исследований, используйте фильтр Clinical Study Category. Так же введите в него номер поиска или обычный запрос.

При разумном использовании эти фильтры позволяют сэкономить много времени и получить качественную информацию по вашему вопросу.

Совет 10. Логика поиска.

Как вы думаете, что будет найдено в ответ на запрос hand OR arm AND foot? Возможно вы предполагаете, что будут найдены статьи, соответсвующие (hand or arm) AND foot, но это не так. Pubmed следует другой логике, учитывающей порядок слов. В данном случае будут поставлены невидимые скобки вокруг слов arm AND foot. В результате вы получите множество неподходящих вам статей, поскольку вы запросили каждую статью со словом hand и дополнительно несколько статей со словами arm и foot.

Как видите, от расположения скобок заваисит результат поиска. В сложных запросах удобней бывает комбинировать синонимы при помощи оператора OR, а разные понятия - при помощи AND, используя History как показано на рисунке. Вы видите, что два поиска, #8 и #9, комбинируются оператором AND (если не указан никакой логический оператор, то Pubmed автоматически подставляет AND).

Таким образом, OR связывает друг с другом синонимы и расширяет количество найденных статей, тогда как AND действует наоборот, и круг найденных материалов при его применении сужается. Но есть еще один логический оператор - NOT.

Запомните, что не следует использовать NOT для исключения нерелевантных статей. Таким способом вы можете исключить и те публикации, что вам необходимы. Например, если искать статьи, описывающие какую-то патологию у детей и написать NOT adults, чтобы исключить взрослых, то из результатов поиска выпадут так же и статьи, где упоминаются и взрослые, и дети.

Лучше всего NOT подходит для вычитания результатов одного запроса из другого. Например, вы задали поиск под номером #1 с количеством результатов - 100, а затем добавили к нему еще одно слово и получился другой поиск #2 со 120 статьями. Теперь вы можете вычесть результаты поисков друг из друга, записав #2 NOT #1. Теперь вам надо будет прочесть всего 20 статей вместо 120.

На этом советы закончились. Надеюсь, что эта статья поможет вам вылавливать из огромного океана научных статей исключительно самые лучшие и самые правильные публикации.